Azaz dupla érvénytelenítés történt, és mindez kötelezett számla lévén bement a NAV-hoz. Hogyan lehet a hibát korrigálni?

Ez inkább könyveléstechnikai és számviteli kérdés, hiszen a program nem tudja eldönteni melyik "számlával egy tekintet alá eső bizonylat" kiállításával javítson:
stornózással vagy helyesbítéssel.

Itt ismételt érvénytelenítés (stornó stornójának a stornója), majd egy következő független számla kiállítása javasolt és egyben az egyetlen lehetséges megoldás is, hiszen érvénytelenített számláról már helyesbítőt nem tud kiállítani, ahogyan - ahogy azt megfigyelte - nem tudja érvényteleníteni sem. Ezt javasolja a NAV online K&V oldal 22. pontja is:
https://onlineszamla.nav.gov.hu/kerdesek_es_valaszok